龙卷风的暴戾和神秘吸引了大批科学家的深入研究，深入风暴中间是最危险的行为，但亦是探索龙卷风最有效的方法。乔（海伦·亨特 Helen Hunt饰）和离婚的丈夫比尔（比尔·帕克斯顿 Bill Paxton饰）就是这类“与龙共舞”的科学家，即使他们感情已经破裂，比尔也已找到新的恋人，但出于对龙卷风研究的痴迷，他们还是决定共同追逐一场俄克拉何马州的飓风，并把新研制成功的探测仪“多萝西”放到龙卷风中心收集..
美国海军陆战队法兰（艾德?哈里斯 Ed Harris 饰）将军因不满政府对退伍、战死军人及其家属的补偿和福利不满，率领部下将美军最新研制的生化武器――VX毒气弹――偷运到罗克岛，劫持了81名正在该岛观光的游客，控制了该岛。要挟美国政府48小时内支付1亿元赎金否则将杀死人质并用毒气弹袭击旧金山。
罗克岛之前曾是美国防卫最严密的监狱，易守难攻。美国政府偶然从档案中发现前英国特工梅森（肖恩?康纳利..
中情局获得情报，得知他们的特工中出了一个叛徒，准备将中情局布置在东欧的特工名单出卖给外国特工组织。在特工头目吉姆（乔恩?沃伊特 Jon Voight 饰）的策划下，伊森（汤姆?克鲁斯 Tom Cruise 饰）所住的一组特工赶往了他们交易的地点。
岂料，当他们按计划赶到 时，却中了埋伏，一组人中除了伊森和吉姆的妻子克莱尔，其他队员都被杀害。这时，伊森的账户无端端多出了12万美金。伊森成了内鬼..